วัดคูเต่าเป็นวัดเก่าแก่สร้างในสมัยพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ สมัยกรุงศรีอยุธยา ตั้งอยู่ที่ราบลุ่มริมคลองใกล้ทะเลสาบสงขลา อาคารเสนาสนะต่างๆ ทั้งอุโบสถ กุฏิ ศาลาการเปรียญที่มีสถาปัตยกรรมแบบพื้นถิ่น ได้รับการอนุรักษ์และบูรณะจากวัดและคนในชุมชนอย่างดีจนได้รับรางวัลจากทั้งยูเนสโก และสมาคมสถาปนิกสยามฯ ที่มาของพิพิธภัณฑ์ เกิดจากการที่วัดคูเต่าได้รับงบประมาณจากกรมศิลปากรเมื่อปี พ.ศ. 2558 ในการบูรณะกุฏิหลังเก่าที่อยู่หน้าโรงธรรมของพ่อท่านหนู อดีตเจ้าอาวาสวัดรูปที่ 3 และมีกุฏิยาวอีก 2 หลัง เดิมปลูกสร้างบริเวณหน้าลานโรงธรรม และได้ย้ายมาตั้งคู่กันใกล้ทางเข้าวัด กุฏิหลังดังกล่าวเป็นกุฏิที่มีประวัติศาสตร์และเรื่องราวต่าง ๆ มากมาย พระครูปราโมทย์สมกิจ เจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน เห็นว่าควรทำเป็นแหล่งเรียนรู้เรื่องราวในอดีตของคนลุ่มน้ำคลองอู่ตะเภาตอนล่าง จึงจัดทำเป็นพิพิธภัณฑ์ โดยได้รับความเห็นชอบจากทั้งคณะกรรมการวัด และคนในชุมชนมีส่วนร่วมเข้ามบริจาคเงินเพื่อจัดทำ การจัดแสดงภายในพิพิธภัณฑ์ เล่าเรื่องราวเกี่ยวกับประวัติวัดคูเต่า และแสดงถึงวิถีชีวิตของคนลุ่มน้ำคลองอู่ตะเภา ผ่านข้าวของเครื่องใช้ท้องถิ่นและภาพถ่ายเก่า อาทิ เครื่องโรยเส้นขนมลา/ฝอยทอง กระเชอ ไม้ตะพด กระต่ายขูดมะพร้าว

รวมสินค้าเเละของฝาก อัตลักษณ์ภูมิปัญญาชุมชนลุ่มน้ำคลองอู่ตะเภาตอนล่าง อาทิเช่น ขนมทองม้วนสูตรโบราณ ผลิตภัณฑ์จักสานเตยปาหนัน เเละภูมิปัญญาการเเปรรูปสมุนไพรพื้นถิ่น